2004年3月17日，国家食品药品监管局、公安部、农业部、商务部、卫生部、国家工商行政管理总局、国家质量监督检验检疫总局、海关总署八部委联合印发了《2004年全国食品放心工程实施方案》（国食药监察[2004]66号）。
　　2004年工作指导原则和总体思路是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，认真贯彻党的十六大、十六届三中全会、中央经济工作会议精神，以继续推进食品专项整治为主线，突出源头治理，重点抓好四个环节，全面提高食品安全监管水平，为实现食品放心工程三年规划目标迈出第一步。
　　2004年工作重点是：整治和监管与群众生活息息相关的粮、肉、蔬菜、水果、奶制品、豆制品、水产品等的重点品种；食品源头污染治理的重点要向农业投入品的监管延伸，向食品生产、加工环节延伸；加大对种植、养殖环节中的农业投入品使用和食品生产、加工环节的综合监管力度。
　　2004年工作预期目标是：37个城市蔬菜农药残留平均超标率下降3～5个百分点；37个城市学校食堂、餐饮业量化分级达到90％以上；16个城市畜产品“瘦肉精”平均检出率下降1个百分点；10大类大中型食品生产企业获生产许可证的力争达到90％；500个食品商场（超市）的散装食品经营行为得到规范；市（地级）以上大型市场、超市进货索票索证率达90％以上；开展食品安全信用体系建设试点工作；省会市和计划单列市至少建立1个食品绿色市场；大中城市基本实现5类食品安全准入上市；面粉、肉类、儿童食品加工企业基本消除滥用食品添加剂行为；注水肉和病害肉上市受到全面遏制；及时依法查处制售有毒有害食品的违法犯罪案件；全社会对食品安全的满意度有所提高。
　　2004年主要任务是：加大对食品源头污染治理的力度；加强对食品生产和加工环节的监管；抓好对流通环节的食品安全监管；抓好消费环节的食品安全管理；开展食品安全信用体系建设试点工作，探索建立长效监管机制；严厉打击各种制售不符合标准和有毒有害食品的违法犯罪行为。
　　《方案》要求各级人民政府有关部门要进一步加强组织领导、精心组织，狠抓落实、抓好舆论宣传工作、加大督查督办工作的力度。
　　同时国家食品药品监管局等八部委要求全国各省、自治区、直辖市食品药品监管(药品监管)、公安、农业(农林、农牧、农林渔业、畜牧兽医、渔业)、商务(经贸)、卫生、工商、质量技术监督(厅、局)，海关广东分署、上海、天津特派办，各直属海关结合本地区实际情况，由食品放心工程牵头单位负责，组织制定出具体的工作实施方案，于2004年4月15日前报国家食品药品监管局。